Nơi đây đang lưu giữ khoảng 5.000 hiện vật, trong đó có trên 3.000 cổ vật được sắp xếp trưng bày trong không gian rộng trên 1.000m2. Vì thế, Cội Nguồn không chỉ là điểm tham quan độc đáo đối với khách đến Đảo Ngọc, mà còn là nơi để nhiều người tìm thấy nguồn cội...

Bảo tàng “Cội Nguồn-Phú Quốc” là cơ ngơi đồ sộ quay lưng ra biển 4 mùa lộng gió, gồm có 5 tầng, mỗi tầng trưng bày 1 chủ đề riêng nhưng luôn có sự gắn kết hữu cơ do chủ nhân khéo léo sắp đặt theo hướng liên hoàn từ thấp đến cao. Toàn bộ tầng I được dành trưng bày, giới thiệu lịch sử của đảo từ xưa đến nay với nhiều đề tài về các nhân vật lịch sử có ảnh hưởng lớn đến Phú Quốc như: Họ Mạc, Nguyễn Phúc Ánh, Nguyễn Trung Trực...

Còn tầng II là không gian của cổ vật  tìm thấy trên đảo. Tầng III là thế giới của hiện vật từ những chiếc tàu đắm dưới đáy biển. Tầng IV giới thiệu những nét đẹp văn hoá biển đảo. Tầng thượng là những hướng phát triển tương lai của Phú Quốc. Bảo tàng có khoảng 5.000 hiện vật, trong đó hơn 3.000 cổ vật, đặc biệt có hơn 100 rìu đá có niên đại khoảng 2.500 năm, có mộ chum của nền văn hoá Óc Eo được khai quật tại Phú Quốc, có cổ vật thời Lý, thời Trần được tìm thấy dưới những con tàu đắm trên vùng biển Phú Quốc.

Bên cạnh việc sở hữu nhiều hiện vật, cổ vật quý, “Cội Nguồn-Phú Quốc” càng trở nên độc đáo khi nằm giữa không gian bảo tồn văn hóa đặc trưng của Đảo Ngọc với 19 hạng mục công trình, như: Khu bảo tồn chim báo bão, chó xoáy Phú Quốc, khu trưng bày gỗ lũa, khu đồi sim.... Vì vậy, không có gì khó hiểu khi có đến 80% người đi du lịch Phú Quốc tìm đến đây và hầu hết đều có chung cảm giác như mới vừa trải qua cuộc hành hương về nguồn... 

Để có được bảo tàng này, ngoài tiền bạc, còn là cả một kỳ công của lòng đam mê. Bởi có những cổ vật ngay cả “đại gia” ở TPHCM cũng không thể mua được dù đã chấp nhận chi nhiều tiền. Thế nhưng, bằng thành tâm và sự kiên trì, Huỳnh Phước Huệ lại có được mà chẳng mất một xu.

Điển hình là chuyện rước mảnh gỗ của chiến thuyền mà vị anh hùng dân tộc Nguyễn Trung Trực đã dùng trong các trận đánh giặc Pháp bị chìm tại khu vực ấp Ba Trại, xã Cửa Cạn. Anh kể: Gia đình ông bà họ Lâm ở Cửa Cạn khai thác được 3 miếng vỏ đem lên bờ và lập miếu thờ tưởng niệm vị anh hùng dân tộc. Sinh thời, nhiều “đại gia” chơi cổ vật từ TPHCM tìm đến gạ mua với  giá cao, nhưng ông, bà quyết cự tuyệt.

Thế nhưng trước sự kiên trì và thành tâm của Huệ, họ đã đồng ý cho anh thỉnh một mảnh thuyền về  trưng bày trong bảo tàng. Cứ thế bộ sưu tập của anh lớn dần, rồi trở thành một trong những bảo tàng tư nhân đầu tiên trên đất Chín rồng.

“Tôi muốn thông qua bảo tàng này, giới thiệu cho du khách một cách nhìn khoa học về lịch sử, thiên nhiên và con người Phú Quốc. Bảo tàng cũng sẽ góp phần giúp thanh thiếu niên của Phú Quốc hiểu và thêm yêu hòn đảo này”. Huỳnh Phước Huệ kết thúc cuộc trò chuyện bằng một câu của thi sĩ Đông Hồ: “Muốn cho con trẻ yêu quê hương đất nước thì ít ra phải cho nó biết yêu nơi nó sinh ra và lớn lên”.